太宗聽聞柳清和將防疫知識編入書院啟蒙課本，甚為贊許，令國子監將《防疫備要》與《大唐冷萃藥匯》的簡易篇章，頒行天下各州縣書院，令蒙童皆學防疫之理，又令各地州縣官將防疫、施藥之事納入考績，凡醫政不修、疫疾頻發之地，州縣官皆降職罰俸。此令一出，天下各州縣官吏皆不敢懈怠，紛紛配合善益堂設立藥站、藥坊，推廣冷萃之法，大唐的醫藥體系，愈發完善。
貞觀二十年春，長安善益堂總院建成，朱紅大門，青瓦飛檐，院中立著一塊青石碑，上刻太宗御筆“醫濟天下”四個大字，碑旁種著各地的珍稀藥材，嶺南的青蒿、遼東的人參、西域的雪蓮、江南的荷葉，相映成趣。總院開館之日，太宗親率文武百官前往，見院中醫者往來，學徒研習，百姓排隊求診，心中大喜，對張云霄道：“朕愿大唐四海之內，皆無疾疫之苦，百姓皆能安居樂業，今善益堂成，此愿可期矣！”
開館之后，總院的惠民藥局便開始施藥，每日皆有寒門百姓前來求診，醫者皆細心診治，免費施藥，長安百姓皆稱善益堂為“活菩薩堂”。藥科院的醫者則日夜鉆研，將各地的藥方、域外的醫術融合，修訂《大唐冷萃藥匯》全本，共分總卷、嶺南卷、遼東卷、安西卷、江南卷、域外卷六卷，收錄藥方千余道，冷萃之法數十種，刻版兩千部，分送天下各道、軍營、烽燧、書院，讓天下醫者皆能習得此法。
然天有不測風云，貞觀二十年夏，西南巂州突報瘴疫變異，往日的青蒿液竟難見成效，巂州地處蜀地之南，與百越接壤，山高林密，瘴氣濃郁，變異后的瘴疫來勢洶洶，百姓染疾者甚多，州官束手無策，快馬傳信至長安，請求善益堂派醫者前往診治。
太宗接報后，急召蘇晚、柳清和入宮，道：“巂州瘴疫變異，爾二人一熟嶺南瘴疫之治，一精水鄉疫疾之防，今令爾二人率善益堂醫者前往巂州，解百姓于水火。”蘇晚、柳清和領旨，即刻率二十名得力弟子，攜嶺南的青蒿、菖蒲，江南的荷葉、藿香，以及總院新制的冷萃藥液，星夜趕往巂州。
巂州城外，瘴煙彌漫，百姓皆閉門不出，染疾者臥于屋中，發熱嘔吐，氣息奄奄。蘇晚與柳清和抵達后，未及歇息，便入州城查看病情，蘇晚診脈后，眉頭微蹙：“此瘴疫非比往日，雜合了蜀地的濕毒，青蒿液僅能治瘧，卻難解濕毒，故療效甚微。”柳清和亦查看了染疾百姓的癥狀，道：“江南水鄉多濕毒，我制的健脾飲能祛濕健脾，或可與青蒿液配伍，一試療效。”
二人當即令弟子取來青蒿液與健脾飲，按比例調和，制成新的祛瘴祛濕液，先給重癥患者服用，又令眾人點燃菖蒲、艾草、柏葉，熏烤屋舍，凈化瘴氣。次日，服用了新藥液的患者，發熱嘔吐之癥皆有緩解，蘇晚與柳清和大喜，又令弟子深入巂州的深山，尋訪當地的彝族、白族藥農，詢問解瘴祛濕的本地藥材。
彝族藥農告知蘇晚，巂州的深山之中，有一種名為“巖黃連”的草藥，性苦寒，能清熱解毒、祛濕止痛，乃是治瘴毒的良藥。蘇晚與柳清和即刻率弟子上山采擷巖黃連，將其與青蒿、荷葉、五指毛桃配伍，改良祛瘴祛濕液，簡化工序，令巂州的州官組織百姓就地取材，制作藥液。
又令弟子教百姓辨識巖黃連、青蒿等藥材，如何采摘、如何浸泡、如何服用，巂州的驛卒也效仿嶺南，背藥箱行于村寨，施藥診治，偏遠的山寨則由彝族、白族的藥農引路，醫者翻山越嶺前往施治。柳清和又根據巂州的水土，制定了新的防疫章程，令百姓勤曬衣、多通風、飲沸水，避免瘴氣入體。
月余，巂州的瘴疫便被徹底控制，染疾百姓皆痊愈，巂州州官率百姓至善益堂的臨時藥營，跪地謝恩，彝族、白族的首領也將山中的巖黃連、天麻、貝母等藥材送至藥營，愿與善益堂相交，為其采摘藥材。蘇晚與柳清和將巖黃連的用法補入《大唐冷萃藥匯》嶺南卷，又在巂州設立善益堂分堂，派弟子留駐，教當地百姓制藥、防疫，令西南的醫道，又添新枝。
二人歸長安后，向太宗奏明巂州之事，太宗贊其二人隨機應變，又令善益堂總院將巖黃連等西南藥材納入藥田培育，令天下醫者皆識其性、用其長。經此一事，善益堂的醫者更知醫道需因地制宜，不可墨守成規，各道的醫者皆開始深入本地，尋訪部族藥農，發掘本地藥材，讓大唐的醫藥寶庫，愈發豐盈。
貞觀二十年冬，安西都護府報，大食國遣使來朝，特來求取大唐的醫藥典籍，愿以域外的珍稀藥材相換。太宗召陳默入殿，令其接待大食使者，與其商談醫道交流之事。陳默在安西善益堂接見大食使者，使者見安西的烽燧藥驛遍布，流動藥車穿梭于絲路，百姓醫者不分漢胡，皆和睦相處，心中甚為驚嘆，又嘗過陳默制的消炎化瘀液，贊其療效神奇，愿以大食的龍涎香、沒藥、乳香等藥材，換取《大唐冷萃藥匯》與冷萃之法。
陳默將此事奏明太宗，太宗準奏，令陳默選《大唐冷萃藥匯》的簡易版本，刻版十部，贈予大食使者，又令善益堂派十名醫者隨使者前往大食，傳冷萃之法，又令大食使者派醫者來大唐研習，彼此交流醫道。自此，大唐的冷萃之法，隨絲路遠播大食、波斯，而域外的醫術與藥材，也源源不斷傳入大唐，醫道交流，愈發頻繁。
遼東的方硯，此時也迎來了新的機緣，契丹部落的牲畜突遭疫疾，牛羊大批死亡，契丹首領束手無策，派使者前往遼陽善益堂，請求方硯相助。方硯本是醫者，專治人疾，卻從未治過牲畜，然見契丹使者焦急萬分，又念及胡漢一家，便應允前往。他率弟子至契丹部落，查看患病的牛羊，見其發熱、腹瀉、皮毛脫落，便以治人寒疾、腸疾的藥方為基礎，減藥量、調配伍，制出冷萃祛寒止瀉液，涂抹于牛羊的患處，又令其飲用稀釋后的藥液，竟數日便見成效。